Le cordon dunaire qui isole les marais de la Claire Douve de la Baie du Mont Saint Michel constitue une frange continue du nord au sud, mais dont l’épaisseur varie de quelques dizaines de mètres à plusieurs centaines. Il est soumis à une forte érosion dans sa partie nord, sans doute renforcée par des aménagements récents, et la préoccupation actuelle est une rupture probable de ce cordon à échéance de 10 à 20 ans.
Parallèlement, les secteurs centre et sud du cordon, du fait de la dérive littorale, sont le siège de dépôts parfois importants de sédiments.
Le cordon dunaire présente une faciès typique des dunes de la cote du Cotentin, à savoir une pelouse rase de graminées et lichens, souvent desséchée en été, et qui justifie son appellation de dune grise ;

Le marais arrière dunaire se caractérise par une topographie très plane qui favorise la stagnation de l’eau en période hivernale, particulièrement à l’amont du pont d’Obrey. L’exutoire de la Claire Douve vers la baie est contrôlé par une vanne à crémaillère qui permet d’isoler le marais en période de vive-eaux.
Il est composé d’une mosaïque de prairies de pâture et de fauche, plus humides vers le centre du marais. Des roselières et cariçaies occupent les berges de la Claire Douve, ainsi que les rivées des mares et gabions qui parsèment le marais ;


Au total, ce sont plus de 420 espèces végétales qui ont été recensées sur le site, ce qui est remarquable pour cette superficie, dont environ 10 % ont une valeur patrimoniale. Parmi elles, citons L’Elyme des sables, le Myriophylle verticillé, la Ruppie maritime.

Parmi les oiseaux qui apprécient la quiétude du marais, plus d’une cinquantaine d’espèces  y nichent régulièrement, ce qui n’est pas extraordinaire en comparaison avec d’autres sites en baie du Mont et doit orienter à l’avenir les modalités de gestion du site, en particulier autour du devenir de certaines espèces emblématiques comme la Chouette chevêche et la Bécassine de marais.
Le marais tire son intérêt du fait de sa proximité avec la baie du Mont, qui en fait un zone de gagnage nocturne apprécié des canards, et une zone de repos et de quiétude pour de nombreux limicoles. De même, c’est une étape importante sur les routes migratoires, notamment en période prénuptiale (printemps) qui correspond souvent avec une inondation du marais.