La totalité de la partie sud appartient au Conservatoire du littoral, depuis le transfert des propriétés du Département de la Manche en 2003. Le Département avait acquis ces parcelles en 1990 en vue de la réalisation d’un terrain de golf mais n’a pu mener à bien ce projet en raison de l’application de la loi "littoral".
La totalité du site est incluse dans le périmètre du site Natura « Littoral ouest du Cotentin de Bréhal à Pirou », dans le périmètre d’une zone importante pour la conservation des oiseaux (ZICO) et dans le périmètre du site classé du havre Regnéville.


La Pointe d’Agon présente sur sa façade maritime les successions caractéristiques des dunes littorales, présentes en bandes étroites, et sur sa partie interne les successions caractéristiques des prés salés atlantiques. La partie « continentale » de la pointe est en grande partie occupée par les communautés caractéristiques de la dune grise.